在商票的签发、背书至兑付的过程中，基础交易法律关系与票据法律关系始终并行如一，《票据法》第十条：【票据与其基础关系】票据的签发、取得和转让，应当遵循诚实信用的原则，具有真实的交易关系和债权债务关系。票据的取得，必须给付对价，即应当给付票据双方当事人认可的相对应的代价。即便没有合同对价，但持票人取得的原因也必须合法，这个合法的原因，也属于“基础法律关系”，对此《票据法》第十一条：【无对价的票据取得】因税收、继承、赠与可以依法无偿取得票据的，不受给付对价的限制。但是，所享有的票据权利不得优于其前手的权利。其中“税收、继承、赠与”即是基础法律关系。
票据诉讼中，持票人对“基础法律关系诉讼”与“票据诉讼”在同时间内只能二选一，本文着重对合同项下的基础法律关系诉讼与票据诉讼展开分析，以明晰二者之区别。
1、被告的区别。
如选择基础法律关系诉讼，则被告是明确的，即与持票人有直接合同交易的一方，绝大多数情况下为持票人的直接前手，特殊情况下也可能非直接前手，例如直接前手作为第三人代合同债务人付款，所以此时，合同债务人可能是票据上背书的其他前手，也可能未在票据上背书。
如选择票据诉讼，则能够选择被告，与持票人提示付款的时间有关，其他文章进行过详解，本文不再赘述。
2、诉讼时效方面的区别。
基础法律关系诉讼，时效适用《民法典》三年的规定；而票据诉讼则适用《票据法》第十七条之特别规定，不同情形下分为2年、6个月和3个月。且二者都可以适用中断的情形。但二者各自时效的中断与否，均不会互相产生影响。
3、管辖地确定的区别
基础法律关系诉讼管辖法院的确定适用《中华人民共和国民事诉讼法（2021修正）》第二十四条：因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
票据诉讼管辖法院的确定则适用《最高人民法院关于审理票据纠纷案件若干问题的规定》第六条：因票据权利纠纷提起的诉讼，依法由票据支付地或者被告住所地人民法院管辖。票据支付地是指票据上载明的付款地，票据上未载明付款地的，汇票付款人或者代理付款人的营业场所、住所或者经常居住地，本票出票人的营业场所，支票付款人或者代理付款人的营业场所所在地为票据付款地。这里需要强调，“被告住所地人民法院”会随着被告数量的变化而变化，而“票据支付地”对于具体票据而言是可以固定的，不会因被告数量的多少发生变化，即便诉讼中未加入出票人或代理付款人作为被告，其营业场所、住所或者经常居住地仍有权管辖案件。
4、诉讼后果的区别。
如果票据诉讼败诉或执行不到款项，仍可以基于基础法律关系另行起诉，但需注意基础法律关系诉讼的时效问题，以及通常需要提供“终结本次执行裁定”文书，以避免重复受偿的可能。
而对于基础法律关系诉讼，则需区分不同的结果。如果胜诉但执行不到款项的情况下，可另行提起票据之诉，注意事项与上面基本一致。而如果败诉，则通常意味着持票人并未履行基础交易合同项下的主义务，也就可能丧失获取票据的合法性，此时如果再提起票据诉讼，有直接交易关系的一方必然以此来抗辩，而对于该抗辩，仍要进一步区分，如果仅能证明持票人在基础交易关系中存在重大瑕疵，可以排除直接交易对手的责任，但通常不能排除其他前手的责任；如能证明持票人获取票据时存在《票据法》第十二条：【恶意或重大过失取得票据的效力】以欺诈、偷盗或者胁迫等手段取得票据的，或者明知有前列情形，出于恶意取得票据的，不得享有票据权利。持票人因重大过失取得不符合本法规定的票据的，也不得享有票据权利。此时可以彻底否定持票人的票据权利，进而无法得到基于票据的偿付。